Vzácnější  pavučinec rostoucí na podzim na zásaditějších půdách pod listnáči (zejména bukem). Význačný žlutou dužninou, zelenožlutými tóny na plodnici (alespoň v mládí) a negativní reakcí na KOH. Pavučinec překrásný (Cortinarius splendens) je podobný, zbarvený v o něco teplejších barvách a s o něco většími výtrusy. Pavučinec Meinhardův (Cortinarius meinhardii) roste pod jehličnany (smrk) a má rovněž větší výtrusy. Další druhy mají dužninu bez výrazně žlutých tónů či pozitivní reakci na KOH (např. pavučinec vápnomilný - Cortinarius alcalinophilus). Uvedený v Červeném seznamu makromycetů ČR (2024) v kategorii DD (taxon, o němž jsou nedostatečné údaje z hlediska jeho ohrožení).

Cortinarius citrinus Staré Ransko, kulturní smíšený les, sub Fagus, Picea, 6.10.2022, (c) Lucie Zíbarová

Cortinarius citrinus Staré Ransko, kulturní smíšený les, sub Fagus, Picea, 6.10.2022, (c) Lucie Zíbarová

Cortinarius citrinus (spory, Melzerovo reagens, 1000x), 6.10.2022, (c) Lucie Zíbarová